1912年，袁希涛应教育总长蔡元培之邀约，赴北京任教育部普通教育司司长。后改任教学部视学，1914年任北京政府教育部次长，1917 年以次长代理部务。在此期间，极力主张并力促将德人创办、受第一次世界大战影响面临解散的同济医工学堂（现同济大学）收回自办，迁校于吴淞。1919 年代理教育总长，不久辞职。前后 7 年，袁希涛亲自整理制订教育制度、法令课程，又草订全国义务教育计划。第一次世界大战结束后，他组织“欧美教育参观团”，出洋考察，在美国参观了20 多个州，又转赴欧洲，考察了十多个国家。1923年回国后，他被选为江苏省教育会会长，倡导并积极推进义务教育，与黄炎培、沈恩孚等人共同创办了中华职业教育社。1923年至1927年任同济大学常务校董。

　　在任教育部次长时，袁希涛就对同济非常关注，他对学生说：“中国之大患， 曰贫曰弱，救弱莫若医，救贫莫若工，务望诸君，各求深造，以养成将来救国人才。”

　　1917年，由于第一次世界大战的影响，在美国的要求下，中华民国政府宣告与德国断交。而作为中德两国合作的学校，同济的命运扑朔迷离，凶多吉少。同济华董沈恩孚、李维格给教育部写信，认为同济德文医工学堂“开创以来，卓著成效，校外附有病院；校内置有工厂，设备之精良，远非他校所能企及，业已造就医士、技士甚众，以是各省闻风负笈者日多一日，嘉惠吾国学子实非浅鲜”， 应“力予斡旋，保全此校”。教育部次长袁希涛认为，“上海学界对于同济感情及企望均甚厚”，“以德国科学之冠全球，我国对德问题，在教育学术上必应预留好感情”。在袁希涛的努力下，3月3日，北京政府“国务会议议定应为维持。

　　如果邦交竟至中断，可由华董设法接收。其每年所缺经费九万五千，由财政部月拨四千，并咨商苏省月拨四千，以资维持”。

　　3月17日下午，上海法租界当局借口同济德文医工学堂是德国的产业，为防止德国人利用该校机械制造武器，由法捕房总巡带着捕头四五人，率领安南兵大队，荷枪实弹，包围同济，强令学校解散。同济学生怀着悲愤的心情被迫离校。幸有上海金星人寿保险公司、南洋兄弟烟草公司和中华书局共同负担同济离校学生食宿费用，并去电教育部要求设法对同济学生作善后安排，才使学生暂时安顿下来。后来唐绍仪提议，吴淞中国公学已停办，可向该校校长梁启超商借空关着的校舍。这时从北京传来消息，教育部准备把同济分拆到济南、天津、汉沽等地， 遭到同济师生的一致反对。在袁希涛等人的努力下，教育部派沈彭年等人专门来沪处理。经交涉，法方只同意归还校舍，但严禁聘用德籍教师。法方的这一要求使同济无法复课。后经沈彭年、校董沈恩孚等人与各方面积极协商，并经教育部核准，同济学生先后搬至吴淞中国公学上课，同济的历史才得以延续。

　　1919年，由于中国公学将在第二年收回校舍自用，阮尚介校长于1月亲赴北京面见教育部次长袁希涛，希望能够修建自己的校舍。在袁希涛的主持下，由教育部拨款 1万元，于吴淞乡购地150亩。同济由此开始迈向了20世纪二三十年代的鼎盛发展时期。

　　1922年3月6日，同济重订校董会简章，明确校董会的职权。由于袁希涛当时担任江苏省教育会的负责人，江苏省教育会对同济一直非常支持与关注，同时袁希涛在担任教育部次长期间，在同济危难之时给予了极大的帮助，因此，被聘为同济新一届校董，根据抽签，任期4年。1923年起，在之后的4年中，袁希涛均被推举为常务董事。

　　他自奉极俭，考察或出游常步行，自带干粮或沿路买烘山芋充饥。他对人非常慷慨、宽厚。亲友有困难的，无不接济、帮助。尤其愿意帮助青年求学。他对公益事业十分关心，常倾囊捐助。晚年，袁希涛经济很困难，用编书、写作微薄所得维持生计。有一天一个骗子到他家跟他夫人说：“今天有人请老爷证婚，叫我回家拿一套好点的衣服给他换上。”他夫人说：“他哪里还有衣服，不就那么一套，今天已经穿了出去了！”那个骗子听了就一溜烟地跑了。

　　1930年8月29日下午5时，袁希涛病故于上海贝勒路恒庆里寓所，终年 65 岁。他的人格魅力和对教育的倾情，在教育界赢得了很高的声望。他逝世后，黄炎培为他写了像赞，蔡元培、傅正湘、叶楚伧等多人写了悼词，沈恩孚写了墓志铭，张一麐写了墓表。

　　建观澜墓公葬于宝山，铸铜像供后人瞻仰。后毁于“文革”。2003年， 在宝山十堰小学内，又重新建立了袁希涛的青铜像。同济大学也曾在校内建立 袁希涛纪念碑。1937年同济大学三十周年校庆典礼活动中，专门举行了他和已故首任校长宝隆、工科创始人贝伦子的纪念碑揭幕仪式，可惜后来也毁于日军战火。

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